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IZON qEV 尺寸排阻柱,,快速&可靠地純化細(xì)胞外囊泡
操作流程 3
安全預(yù)防
• 當(dāng)使用 qEV 柱時(shí)采取適當(dāng)?shù)膫€(gè)人防護(hù)措施,,比如實(shí)驗(yàn)服,手套和防護(hù)鏡,。
• 柱子的抗菌溶液包含 0.05% w/v 的疊氮化鈉,。大量的疊氮化鈉有毒,所以應(yīng)該避免皮膚和眼睛的直接接觸,。
• 廢棄緩沖液應(yīng)妥善處理,。疊氮化鈉會(huì)在銅制管道中累積引起爆炸。
• 生物樣品可能有危險(xiǎn),,當(dāng)使用 qEV 柱時(shí),,請(qǐng)教實(shí)驗(yàn)室安全員有關(guān)樣品安全操作的要點(diǎn)。
保存
柱子保存在含有抑菌劑(例如 20 %乙醇,,或<0.05 % w/v 的疊氮化鈉)的溶液中,,存放于+4到+8 °C。抑菌劑可以在沖洗步驟時(shí)引入(見(jiàn)囊泡收集后部分),。
使用前
如下圖所示:
• 將柱子固定,,使液面水平(確保柱子垂直)
• 不要移除底部滑動(dòng)蓋
• 小心緩慢地移去頂蓋
柱子的平衡
• 移除底部滑動(dòng)蓋,并且使用至少 10 mL 洗脫緩沖液(PBS)沖洗柱子,。如果不是使用PBS 洗脫,,那么至少使用 30 mL 洗脫緩沖液沖洗柱子。記下 5 ml 緩沖液通過(guò)尺寸排阻柱通過(guò)的時(shí)間,,這可用于判斷何時(shí)需要清洗柱子,。
• 確認(rèn)有充分的平衡時(shí)間使柱子溫度介于操作溫度范圍內(nèi),。
• 不要使柱子變干。頂部的篩板必須保持濕潤(rùn),。柱子變干會(huì)影響其功能,。
• 使用當(dāng)天新配的過(guò)濾(0.2 μm)緩沖液避免引入顆粒物污染。
• 為了**的結(jié)果,,建議購(gòu)買(mǎi) Izon Prep and Reagent 試劑盒,。
• 如果在操作溫度范圍之外使用,可能會(huì)得到錯(cuò)誤的結(jié)果,。
樣品的純化
一.樣品的引入的應(yīng)用
1. 在柱子移除底部滑動(dòng)蓋之前,,用移液槍移除篩板頂部的緩沖液。
2. 加入 500 μL 樣品,。
3. 立即移去底部滑動(dòng)蓋,。
4. 立即開(kāi)始收集 0.5 mL 餾分;
• *開(kāi)始的六個(gè)餾分(3.0 mL)是空隙體積,,不包含囊泡,,通常無(wú)需分析。
• 建議將空隙體積收集在同一個(gè)收集管中來(lái)節(jié)約時(shí)間,,并可避免 6 個(gè)單獨(dú)的管子帶來(lái)的測(cè)量誤差,。
5. 當(dāng)*后的樣品剛剛進(jìn)入柱子頂部篩板(與之相平),加入更多的緩沖液,,但是不要高于頂部篩板 2 mL,。
• 等待直到*后一滴樣品剛剛進(jìn)入柱子頂部篩板,避免樣品稀釋,。
二. 樣品餾分收集
當(dāng)依據(jù)操作流程使用 qEV 柱時(shí),,EVs 大多數(shù)洗脫于餾分 7、8 和 9 中,,去除了~99.8 %的蛋白,;
大于 10 的餾分包含更多的蛋白和更少的囊泡,不建議分析,。為了得到更高的 EV 回收率,,餾分可以合并起來(lái),但是,,合并餾分會(huì)稀釋 EVs 的濃度。
方法 A — 得到**的純度和濃度
不同的樣品會(huì)得到不同的洗脫峰形,,因此建議預(yù)先測(cè)量 EV 濃度并對(duì)所有餾分(7 - 11)進(jìn)行蛋白純化,。
1. 空隙體積之后立即收集 3 個(gè)囊泡餾分,每個(gè)餾分 500 μL(餾分 7,、8 和 9),。
2. 測(cè)量每個(gè)餾分的 EV 濃度(使用 Izon qNano)和蛋白純度,。
• 為了得到高濃度囊泡,使用** EV 濃度的餾分(通常 7 和 8),。注意:合并餾分會(huì)稀釋 EV 濃度,。
• 為了得到高純度囊泡,使用*低蛋白濃度的餾分,。
方法 B — 一般使用操作
空隙體積之后立即收集一個(gè)囊泡餾分,,1500μL。為了減少蛋白污染,,建議只收集 1000 μL,。
三. 囊泡收集后
當(dāng)收集完囊泡餾分之后,用至少 10 mL 緩沖液沖洗柱子,,并按照《保存》部分的要求保存柱子,。記下 5 ml 緩沖液通過(guò)尺寸流過(guò)尺寸排阻柱所需要的時(shí)間,這對(duì)于檢測(cè)何時(shí)清洗柱子很有用,。流速的改變可能暗示柱子被堵住或被污染,。
qEV 柱的維護(hù)
再次使用
如何檢測(cè)柱子何時(shí)被污染并需要清潔;
• 流速相比初始流速開(kāi)始變緩,。因此建議測(cè)量初始沖洗流速(和/或空隙體積)作為對(duì)比,。
• 如果較先前相似的樣品來(lái)說(shuō)回收率明顯下降,那么期望的 EVs 產(chǎn)率也相應(yīng)下降,。如果是這樣,,使用 Izon CPC100 校正顆粒(稀釋于 PBS 緩沖溶液中),收集餾分并使用qNano 測(cè)量至少 2000 個(gè)數(shù),。兩個(gè)峰值餾分的回收率應(yīng)該>50%,。
• 在沖洗完后,柱子頂端有顏色的變化,。
注意
• 對(duì)于新的柱子和干凈或再生的柱子,,頂蓋和凝膠表面之間的空間說(shuō)明儲(chǔ)存過(guò)程當(dāng)中凝膠有所沉降,并不影響其性能,。為了使
樣品的稀釋影響*小化,,可以將頂蓋向下推動(dòng)<2 mm。
• 當(dāng)囊泡餾分隨后被用于 PCR 或 RT-PCR 時(shí),,建議柱子單次使用,。
柱子的再生
通常使用 20 到 30 mL 緩沖液清洗柱子,隨后使用新緩沖液平衡柱子(如果更換環(huán)境),。在一些應(yīng)用中,,變性的蛋白或脂質(zhì)不會(huì)在再生步驟中被洗脫下來(lái)。可以通過(guò)下面的清洗步驟來(lái)去除,。
柱子的清洗
去除沉淀蛋白,、非特異性吸附蛋白和脂蛋白用 10 mL 0.5 M NaOH 清洗柱子,然后用至少 30到 50 mL 緩沖液沖洗柱子,,并檢查洗脫溶液pH,。
去除強(qiáng)非特異性吸附蛋白、脂蛋白和脂質(zhì)
用 20 mL 非離子型表面活性劑溶液,,如 0.1 %Triton X-100 清洗柱子,,然后用至少 20 到 30mL 緩沖液沖洗柱子。
在某些情況下,,一些樣品仍會(huì)殘留痕量蛋白,。在清洗結(jié)束時(shí)再次檢查蛋白含量,如果蛋白水平高于預(yù)期,,再清洗一次,。
柱子的消毒
消毒可以**程度減少凝膠的微生物污染。用10 mL 0.5 M NaOH 清洗柱子,。然后用 30 到 50mL 無(wú)菌緩沖液平衡柱子,,并檢查洗脫溶液pH。
注意
• 脫氣緩沖液有助于避免凝膠基質(zhì)中氣泡的產(chǎn)生,。少量的氣泡(<10)對(duì)柱效影響極小,。
• 建議使用 0.15 M 或更高離子強(qiáng)度的緩沖液,以避免溶質(zhì)與凝膠基質(zhì)之間產(chǎn)生不必要的離子相互作用,。
• 為了避免尺寸排阻柱的堵塞,,建議過(guò)濾或低速離心生物樣品以去除大顆粒物。
柱子的性能指標(biāo)
囊泡的峰值洗脫
• 對(duì)于 500 μL 的樣品體積,,囊泡的洗脫峰值在 4.0 mL ± 0.5 mL,。
• 兩個(gè)峰值餾分的回收率大約 50 %。
• 對(duì)于 500 μL 的樣品,,峰值餾分通常在餾分 8 和 9 之中,。如果希望更高的純度,可以只收集*早的峰值餾分,。
通過(guò)測(cè)定 280 nm 處的紫外吸收可以得到 qEV柱的蛋白洗脫圖,。通過(guò) Bradford 法可以準(zhǔn)確測(cè)定每個(gè)餾分中蛋白的精確含量。圖 1 展示了當(dāng)500 μL 血漿樣品上樣至柱上時(shí)的囊泡洗脫圖,。每個(gè)餾分的囊泡濃度通過(guò) qNano 測(cè)量,,蛋白含量通過(guò) 280 nm 處的吸收值來(lái)測(cè)量。
囊泡的富集是十分明顯,,它們主要存在于餾分7,、8 和 9 中,。血清蛋白的洗脫更慢一些,,主要存在于餾分 11 - 30 中,。大于 10 的餾分通常含有高濃度的蛋白和低濃度的囊泡,不建議用來(lái)做分析,。
EVs 的洗脫始于餾分 7,,餾分 8 和 9 的濃度達(dá)到**。收集越多的餾分,,EVs 的總回收率越高,。
圖 2 血漿中 EVs 的回收率說(shuō)明了這點(diǎn)。但是,,收集的餾分越多,,EV 的回收濃度就會(huì)越稀釋。見(jiàn)表 1,。
上樣體積
上樣體積越大,,囊泡餾分中的囊泡純度越低。圖 3 展示了血清上樣體積為 100 μL,,500 μL 和2000 μL 時(shí)的囊泡分布,。2000 μL 的樣品導(dǎo)致囊泡**程度地被蛋白污染。2000 μL 樣品中外泌體的出峰延遲顯而易見(jiàn),。
為了得到更純的 qEV,,建議**的樣品體積為100 μL 至 500 μL,這樣囊泡會(huì)洗脫于餾分 7 至9 之中,。
圖 4 展示了血清上樣體積為 100 μL 和 500 μL 時(shí)的囊泡洗脫圖,。
囊泡的損失發(fā)生在當(dāng)樣品體積大于 500 μL 時(shí),囊泡的洗脫峰很寬以至于一些囊泡從餾分 11中被洗脫下來(lái),。這些餾分不建議用來(lái)分析因?yàn)?/span>包含了大量的干擾蛋白,。
純化
圖 5 展示了餾分 7 到 9 之間含有很少量的蛋白,且越后面的餾分中蛋白含量越多,。
圖 6 展示了經(jīng)過(guò) qEV 柱純化后,,EVs 相對(duì)于蛋白的純化度。每個(gè)餾分的純化因子(純化前后蛋白的減少比例)如圖所示,。餾分 7 和 8 富集的 EVs *多,,也就是相對(duì)于回收的囊泡來(lái)說(shuō)大部分蛋白被除去。
qEV 柱純化過(guò)程中的稀釋
為研究 qEV 純化過(guò)程中對(duì)樣本的稀釋,,用已知濃度的聚苯乙烯納米顆粒標(biāo)準(zhǔn)品和脂質(zhì)體來(lái)模擬 EVs 的尺寸和組成,。
稀釋因子取決于哪些餾分被合并起來(lái)。起始體積為 500 μL 的聚苯乙烯納米顆粒標(biāo)準(zhǔn)品(直徑眾數(shù)為 400 nm)的總回收率為~100%,。
圖 7 說(shuō)明合并餾分 5 至 11 可以得到 100%的顆?;厥章?。這導(dǎo)致稀釋因子為 7,并且收集的餾分含有大量的干擾蛋白,,因此不適于實(shí)際應(yīng)用,。
表 1 展示了收集不同餾分的稀釋因子以及回收率。
雖然可以獲得 100%的回收率,,但是也可以通過(guò)測(cè)量每一個(gè)餾分的顆粒濃度,,將濃度**的兩個(gè)餾分合并起來(lái)。因此回收率與純度之間存在折衷,。當(dāng)將餾分 7 和 8 合并起來(lái)時(shí),,脂質(zhì)體實(shí)驗(yàn)的回收率為~50 %,與聚苯乙烯納米顆粒的結(jié)果相一致,。
依據(jù) EVs 的*終濃度,,可以不稀釋餾分,直接用 qNano 來(lái)測(cè)量每個(gè) 餾 分 的濃度,。對(duì)于qNano,,每分鐘 500 到 1600 個(gè)顆粒是**速率。如果樣品速率高于這個(gè)范圍則需要進(jìn)行稀釋,。
如果依據(jù)這個(gè)操作步驟來(lái)使用 qEV 柱,,并且每個(gè)餾分的體積很精確的話,EVs 會(huì)始終洗脫于餾分 7,、8 和 9,,而餾分 10 和 11 中的含量很少。
操作溫度
qEV 柱經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制,,流速大約 1 毫升/分鐘(±0.2 毫升/分鐘),。對(duì)于一些樣品來(lái)說(shuō),操作溫度可能會(huì)影響流速,,*終影響 EVs的洗脫峰形,。
回收率的優(yōu)化溫度為在 15 °C 和 25 °C 之間 ,因此推薦的操作溫度為 15 - 25 °C ,。
大體積樣品的操作 4
對(duì)于一些生物流體來(lái)說(shuō),, qEV 純化前,可以通過(guò)將樣品預(yù)先濃縮來(lái)獲得更多的外泌體,。根據(jù)所使用的樣品和其它制備步驟,,此操作步驟可以根據(jù)需要相應(yīng)修改。
1)取定量的細(xì)胞培養(yǎng)液,,將樣品離心 1500 g,,10 分鐘,隨后離心 3000 g,,10 分鐘,,取上清液,。對(duì)于細(xì)菌細(xì)胞來(lái)說(shuō),則需要更高的離心力,。
2)用 Merck Millipore 離心裝置或等同的裝置來(lái)濃縮細(xì)胞培養(yǎng)液,。Amicon Ultra 15 是一種 50mL Falcon 類型裝置,需要很低的離心轉(zhuǎn)速,,*高 4000 g,。這樣的話每次離心需要 15 分鐘。這個(gè)裝置可以將 15 mL 液體濃縮至 300-500 μL,。
3)如果樣品中含有不溶物,在 qEV 純化前10,,000 g 離心 10 分鐘,,去除沉淀。否則這些沉淀會(huì)對(duì)后續(xù) TRPS 分析造成影響,。
4)樣品經(jīng)過(guò)以上濃縮便可以按照上面第二部分來(lái)進(jìn)行 qEV 純化了,。樣品餾分收集見(jiàn)第 2 頁(yè)。
qEV 餾分的 TRPS 分析
對(duì)于 TRPS 分析來(lái)說(shuō),,Izon Science 推薦使用Izon 試劑盒,,這個(gè)試劑盒可以用來(lái)預(yù)涂納米孔并可以在整個(gè)操作過(guò)程中使用。
在 TRPS 的準(zhǔn)備階段和操作階段中,,需要過(guò)濾所有試劑以避免污染或者大顆粒對(duì) TRPS 濃度測(cè)試的干擾,。Izon Science 推薦使用當(dāng)天新配的過(guò)膜(0.22 μm 注射器式濾器)試劑。
用 TRPS 分析 qEV 餾分時(shí),,Izon Science 推薦將餾分在初始電解液稀釋 1/5 或 1/10,。優(yōu)化稀釋比例,使得**壓力下的通過(guò)速率為約每分鐘500-1600 個(gè)顆粒,,以避免納米孔堵塞,。
如果對(duì)于 TRPS 分析來(lái)說(shuō)囊泡濃度過(guò)低,需要濃縮樣品(見(jiàn)下面),。下面部分介紹 qEV 餾分收集后的樣品濃縮,。
qEV 餾分收集后的樣品濃縮
對(duì)于小體積樣品或?qū)τ谏?EVs 的樣品來(lái)說(shuō),濃縮囊泡可以使分析變得更簡(jiǎn)單,。下面的方法可以在 0.5 - 1 h 之內(nèi)濃縮收集到的囊泡,。
通過(guò) Merck Millipore Microcon-30 裝置濃縮小體積樣品(需要實(shí)驗(yàn)室離心機(jī)達(dá)到 14,000 g 的離心力),??梢詫?0.5 mL 樣品濃縮至大約 200μL??梢灾貜?fù)濃縮獲得更多的樣品(比如餾分7-9),。
術(shù)語(yǔ)表
色譜:一種樣品中成分分離的方法,。由固定相和流動(dòng)相組成,樣品的各組分在兩相之間分配,。固定相可以是固體,,固體支持液體或凝膠。固定相可被填充在柱中,,伸展為固定層或分布為薄膜,。流動(dòng)相可以是氣體或液體。
柱體積:填充材料和空隙體積的體積和(可簡(jiǎn)稱為床體積),。
餾分:表示從柱上收集的特定體積,,對(duì)于給定體積數(shù)值恒定。也就是說(shuō),,餾分 7 的 0.5 毫升是指收集的 3.0 毫升至3.5 毫升中的 0.5 毫升,。
脫氣:指將溶液抽真空來(lái)“煮”掉多余的溶解氣體,如將燒瓶抽真空,。
流速:載液的體積流量,,單位為 mL / min。
空隙體積:柱中固定相的總體積,;柱子的其余部分由凝膠材料填充,。它表示了 SEC 的排除體積。
囊泡餾分:囊泡出現(xiàn)在的餾分,。
回收率:囊泡從柱子流出的量與進(jìn)入柱子的量的百分比,。
暫無(wú)數(shù)據(jù)!