編號(hào)：NMJS05439
篇名：白蛋白和石墨烯的結(jié)構(gòu)及其相互作用的分子動(dòng)力學(xué)模擬
作者：孫穎,； 丁佳麗,； 宗皓； 王健丹,； 呂曉迎,；
關(guān)鍵詞：分子動(dòng)力學(xué)模擬； 白蛋白,； 石墨烯,； 相互作用機(jī)制；
機(jī)構(gòu)： 東南大學(xué)生物電子學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,； 東南大學(xué)江蘇省生物材料與器件重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,； 東南大學(xué)軟件學(xué)院；
摘要： 采用分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法分析研究了白蛋白與石墨烯表面的相互作用.分子模擬過(guò)程采用Gromacs軟件進(jìn)行運(yùn)算及數(shù)據(jù)采集分析,并采用VMD軟件實(shí)現(xiàn)結(jié)構(gòu)的可視化.首先,建立周期邊界條件,在邊長(zhǎng)為9 nm的有限空間中采用恒溫恒壓系綜,對(duì)ffgmx力場(chǎng)條件下的白蛋白原始真空構(gòu)象進(jìn)行優(yōu)化,使其在水相中達(dá)到平衡態(tài).然后,以水相中得到的穩(wěn)定的白蛋白作為模型,構(gòu)建與石墨烯相互作用的總體構(gòu)象及界面.最后,在周期性邊界條件下,經(jīng)過(guò)500 ps的動(dòng)態(tài)過(guò)程,完成了白蛋白在石墨烯表面的吸附.對(duì)能量,、殘基軌跡,、扭轉(zhuǎn)角等數(shù)據(jù)進(jìn)行分析總結(jié),確定了白蛋白在石墨烯表面的吸附位點(diǎn)為白蛋白序列中90~97號(hào)肽段90ALA-91GLY-92ILE-93THR-94SER-95ASP-96PHE-97TYR.
