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背景介紹

DRUG-seq ，全稱Digital RNA with pertUrbation of Genes (DRUG)-seq，是一種新型高通量藥物篩選技術(shù),。高通量篩選（HTS）是苗頭化合物發(fā)現(xiàn)的重要手段之一,，而新型 HTS 平臺 DRUG-seq 是基于 RNA-Seq 的技術(shù)原理,，通過研究轉(zhuǎn)錄組變化來篩選苗頭化合物,。和傳統(tǒng) RNA-Seq 的高成本和低通量不同，DRUG-seq 可在微孔板中開展實(shí)驗(yàn),，極大地降低成本和提高通量,，同時可得到與 RNA-Seq 同樣準(zhǔn)確的結(jié)果。

圖1. DRUG-Seq技術(shù)

DRUG-seq技術(shù)最早于2018年,，由Ye等人在Nature Communication上發(fā)表,，DRUG-seq能夠以較低成本實(shí)現(xiàn)對大量化合物的轉(zhuǎn)錄組分析，為藥物研發(fā)提供了有力工具,。2022年Li等人介紹了 DRUG - seq 平臺在神經(jīng)科學(xué)藥物研發(fā)中的應(yīng)用,，通過嚴(yán)格測試和開源分析流程,，展示了其高重復(fù)性和解析化合物作用機(jī)制的能力,，并以精神分裂癥治療藥物研發(fā)為例，闡述了該平臺如何助力藥物研發(fā)項目,。Ye和Li在研究中,，均使用到了納升級液體處理系統(tǒng)Echo Liquid Handler，幫助進(jìn)行化合物的添加與RNASeq反應(yīng)體系的配置,。

納升級液體處理系統(tǒng)Echo

● 采用聲波能量進(jìn)行液體轉(zhuǎn)移,，避免使用吸頭進(jìn)行接觸式移液，避免了吸頭的使用與交叉污染,；

● 單次轉(zhuǎn)移液滴2.5或25納升,，可采用更小的反應(yīng)體系,，減少實(shí)驗(yàn)試劑的使用；

● 每秒可完成300-500次液滴的轉(zhuǎn)移,，1塊184孔板100納升/孔的液體添加,，3分鐘即可完成；

● 采用聲波進(jìn)行非接觸式移液,，在高通量的藥篩篩選過程中,，可從母孔直接進(jìn)行梯度稀釋，獲得更好的IC50值,。

圖2. Echo與Echo移液原理

圖3. 傳統(tǒng)IC50實(shí)驗(yàn)(左)與Echo IC50實(shí)驗(yàn)(右)對比

DRUG-Seq與自動化液體工作站

圖4. DRUG-Seq自動化實(shí)驗(yàn)流程

DRUG-Seq實(shí)驗(yàn)流程,，操作步驟多、耗時長,。使用Biomek自動化液體工作站和Echo納升液體處理系統(tǒng),，能夠解放人力、提高效率：

● Biomek完成前期的細(xì)胞鋪板,、細(xì)胞換液,、細(xì)胞傳代，實(shí)驗(yàn)板準(zhǔn)備工作,；

● Echo進(jìn)行化合物添加,；

● Biomek添加細(xì)胞裂解液，Echo添加特異標(biāo)簽,，反轉(zhuǎn)錄試劑,；

● Biomek將產(chǎn)物合并，建庫,。

自動化在 Drug - Seq 中的優(yōu)勢

● 提高效率,，自動化設(shè)備可以同時處理大量樣本，快速完成細(xì)胞培養(yǎng)和化合物篩選,，縮短整個實(shí)驗(yàn)周期,；

● 提高準(zhǔn)確性和重復(fù)性，自動化操作減少了人為因素的干擾,，使得每個樣本的處理和分析條件更加一致,。在不同實(shí)驗(yàn)室或不同批次的實(shí)驗(yàn)中，自動化流程能夠保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的重復(fù)性,，這對于驗(yàn)證藥物反應(yīng)相關(guān)的生物標(biāo)志物等研究至關(guān)重要,；

● 降低成本，雖然自動化設(shè)備投資較大,，但由于提高了效率,、減少了錯誤導(dǎo)致的重復(fù)實(shí)驗(yàn)，尤其是聲波移液系統(tǒng)Echo,，在使用化合物和反應(yīng)體系配置時能夠做到納升級移液,，因此總體成本會降低,。

參考文獻(xiàn)：

Ye, C. et al. DRUG-seq for miniaturized high-throughput transcriptome profiling in drug discovery.Nat Commun.9, 4307 (2018).Jingyao Li. et al. DRUG-seq Provides Unbiased Biological Activity Readouts for Neuroscience Drug Discovery. ACS Chem. Biol. 2022, 17, 1401?1414