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貝克曼庫(kù)爾特商貿(mào)（中國(guó)）有限公司
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貝克曼庫(kù)爾特 | 揭秘中國(guó)人群腎癌關(guān)鍵致病基因：復(fù)旦交大團(tuán)隊(duì)發(fā)文《自然·通訊》
如多數(shù)腫瘤一樣，腎癌的分子分型是提高腎癌療效及腎癌精準(zhǔn)治療的關(guān)鍵,。
美國(guó)臨床腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué)會(huì)（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium,， CPTAC)曾公布了103例透明細(xì)胞腎癌患者的蛋白質(zhì)基因組學(xué)特征,，為歐美國(guó)家的腎癌精準(zhǔn)治療提供了依據(jù)。但該數(shù)據(jù)來(lái)源于西方腎癌患者,，同國(guó)內(nèi)的患者存在差距,，該研究并不能滿足國(guó)內(nèi)腎癌臨床和基礎(chǔ)研究中的迫切需求。
復(fù)旦大學(xué)丁琛教授團(tuán)隊(duì)、葉定偉教授團(tuán)隊(duì)和上海交通大學(xué)趙健元教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合對(duì)232例本土腎癌患者人群的腎透明細(xì)胞癌（Clear cell renal cell carcinoma,，ccRCC）進(jìn)行了分析 ,，綜合蛋白組、基因組并結(jié)合患者臨床病理特征和生存數(shù)據(jù),，描繪了中國(guó)透明細(xì)胞腎癌的蛋白質(zhì)基因表達(dá)圖譜,，揭示了中國(guó)人群腎癌關(guān)鍵致病基因變異。為更優(yōu)的診療提供了依據(jù),。該工作發(fā)表于《自然·通訊》1,。
下圖描述了該研究的整體思路和方法。
Fig. 1a: Schematic representation of the multiomics analyses of ccRCC, including sample preparation, protein identification, WES, and function verification.
其中WES（全外顯子組測(cè)序）是關(guān)鍵數(shù)據(jù)之一,。
作者在文中特別提到,，該工作分別使用了IDT埃德特公司的DNA建庫(kù)試劑盒（原Swift Biosciences*）、接頭,、外顯子WES panel以及定制探針,，并使用到了貝克曼庫(kù)爾特的SPRIselect (Beckman, B23319)進(jìn)行了文庫(kù)的純化。
* 2021年3月,，IDT埃德特完成對(duì)于Swift Biosciences公司的收購(gòu),。
IDT埃德特公司的相關(guān)產(chǎn)品：
1. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 建庫(kù)試劑盒（卓越版）
使用該試劑盒可對(duì)cfDNA樣本或FFPE組織提取的 DNA 樣本進(jìn)行靈敏、準(zhǔn)確的變異檢測(cè),。使用該試劑盒的專(zhuān)用連接法,，可使轉(zhuǎn)化率達(dá)到最高并抑制接頭二聚體形成。在單鏈連接期間引入特異性分子標(biāo)簽 (UMI) 序列,，便于采用多種去重和糾錯(cuò)法,。
2. 原Swift Accel-NGS 2S Hyb DNA 建庫(kù)試劑盒（現(xiàn)IDT 2S Hyb DNA 建庫(kù)試劑盒）
利用獨(dú)特的專(zhuān)利技術(shù)，保證樣品高效的文庫(kù)轉(zhuǎn)化率,，使得降解樣品和低起始量等困難樣品（例如FFPE,、cfDNA等樣品）產(chǎn)出高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。只需≥10 ng cfDNA 或≥ 100 ng gDNA即可進(jìn)行PCR-free建庫(kù)流程,。獨(dú)特的5’ 和3’ 修復(fù)步驟,，針對(duì)損傷樣品（如物理打斷后產(chǎn)生損失）進(jìn)行修復(fù)；對(duì)于富含AT/GC的基因組區(qū)域覆蓋度均一,，適用于多種樣品類(lèi)型,；優(yōu)異、高效的文庫(kù)轉(zhuǎn)化效率使得更多分子進(jìn)行轉(zhuǎn)化,，保持更高的文庫(kù)復(fù)雜度,；無(wú)需接頭稀釋?zhuān)煌鹗剂恳部杀３址€(wěn)定的文庫(kù)轉(zhuǎn)化效率。
3. IDT全外顯子捕獲試劑盒（xGen Exome Research Panel）
IDT全外顯子捕獲試劑盒（xGen Exome Research Panel）v2由 415,115 條單獨(dú)合成且經(jīng)過(guò)質(zhì)控檢驗(yàn)的 xGen Lockdown 探針組成,。探針組跨越人基因組的 34 Mb 目標(biāo)區(qū)域（19,433 個(gè)基因），并且覆蓋 39 Mb 的探針空間（即由探針覆蓋的基因組區(qū)域）,。探針組中的所有探針均嚴(yán)格按照 ISO 13485 標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行生產(chǎn),。探針使用全新的“捕獲感知”(capture-aware) 算法進(jìn)行設(shè)計(jì),，并進(jìn)行了專(zhuān)有的脫靶分析，確保實(shí)現(xiàn)最完整的設(shè)計(jì)覆蓋度,。每條探針均經(jīng)過(guò)質(zhì)譜法和雙定量測(cè)量檢驗(yàn),，確保探針的質(zhì)量及在探針庫(kù)中具有適當(dāng)?shù)拇硇浴Ｍㄟ^(guò)始終如一的深度覆蓋,，致力于推動(dòng)臨床科學(xué)研究,。
關(guān)于貝克曼庫(kù)爾特的SPRselect：
SPRI純化技術(shù)采用順磁性磁珠、選擇性的結(jié)合特定大小的核酸,，已廣泛應(yīng)用于NGS的純化及片段篩選等領(lǐng)域,，被超200多主流NGS試劑盒推薦，超15,000篇論文引用,。相比于傳統(tǒng)純化磁珠,，SPRIselect更具備如下優(yōu)勢(shì)：
1，室溫儲(chǔ)存,。
即拿即用,、省錢(qián)省時(shí)：節(jié)省昂貴的冰箱空間，更省去大量溫度平衡的時(shí)間,；
2,，精準(zhǔn)的片段篩選，且保證不同批次間穩(wěn)定性,。
不論今年或明年,，可靠的SPRIselect將始終如一的產(chǎn)出可重復(fù)的片篩結(jié)果，無(wú)需重復(fù)測(cè)試磁珠比例,。如下圖所示,，不同批次間片篩均值差異不超過(guò)2 bp。官方提供片段篩選濃度指引,。
3,，專(zhuān)家首選。
已有超40個(gè)知名建庫(kù)試劑盒推薦SPRIselect,；超1,000篇論文選用SPRIselect,。
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參考文獻(xiàn)：
1，Qu, Y., Feng, J., Wu, X, et. al. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nature Communications. (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-29577-x
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