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貝克曼庫爾特 | CLD數(shù)據(jù)處理神器來了,！

貝克曼庫爾特生命科學 2022-05-30 | 閱讀：1974

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細胞系開發(fā)的樣本數(shù)據(jù)要求:

–整理來自不同的分析儀器的數(shù)據(jù)和處理不同文件格式

–在不同的孔板和孔之間跟蹤

–數(shù)據(jù)能長時間保存和快速查找調用

使用Biomek工作站CLD整合系統(tǒng)配合三大軟件（Biomek,，SAMI 和DART）幫您輕松完成數(shù)據(jù)處理,。

細胞株開發(fā)現(xiàn)面臨巨大工作量的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)。與任何篩選過程一樣,，樣本通量帶來了數(shù)據(jù)量的挑戰(zhàn),。當使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數(shù)據(jù)時，這就變得更加具有挑戰(zhàn)性,。而且現(xiàn)在很多篩選要求多個方面的綜合結果來確定Hit Picking,，因此其工作流要求必須使用這些hits的數(shù)據(jù)追蹤。在整個過程中,，必須對數(shù)據(jù)進行追蹤,，以確保進入生產的任何細胞株都有必要的歷史數(shù)據(jù)（例如單克隆性的證明），并且為了報告需要,，所有的數(shù)據(jù)需要隨時快速被找到,。

解決容易出錯的數(shù)據(jù)格式問題

在Microsoft Excel中復制和調整數(shù)據(jù)也是上是一個容易出錯的過程，特別是當試圖關聯(lián)來自不同分析器的數(shù)據(jù)時,。例如, 我們使用CloneSelect Imager來對細胞單克隆性和生長測定,，按行顯示報告結果(A1, A2, A3…圖1)。相反,，我們使Octet HTX對IgG按列進行滴度測定(A1, B1, C1,，…，圖1),。如果有人試圖在Microsoft excel中按名稱重新排序八位數(shù)據(jù),，則井仍然與CloneSelect數(shù)據(jù)不一致(A1, A10, A11…，圖1),。而自動化軟件能很快處理該問題,，完成統(tǒng)一數(shù)據(jù)格式調整和編輯。

DART數(shù)據(jù)庫能儲存和自動檢索數(shù)據(jù)

對于細胞株開發(fā)過程,，當我們在ClonePix 2設備上的半固態(tài)培養(yǎng)基上測定克隆特性時,，首先產生了有意義的數(shù)據(jù),。在挑選過程中，ClonePix 2識別出的最初特征,，如菌落大小和外部熒光（抗體分泌的標志）鏈接到帶條形碼目的板和孔中,。當掃描條形碼時，這些數(shù)據(jù)可以自動導入Biomek軟件,。然后,，作為液體轉移步驟的一部分，Biomek軟件會自動移動數(shù)據(jù),，因此數(shù)據(jù)可以隨著樣本移動而并行移動（圖2A）,。同時，數(shù)據(jù)也可以存儲在DART數(shù)據(jù)庫中,，未來任何時候掃描孔板條碼時,，相應的數(shù)據(jù)都會被自動檢索出來。DART提供了不同時間交互的方法之間的鏈接（圖2B）—— 在諸如cell line開發(fā)這樣的長時間工作流程中,，這是一個關鍵組件,。

自動關聯(lián)樣本數(shù)據(jù)

為了進一步說明細胞株開發(fā)工作流程中的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)，我們將描述長達數(shù)月的過程中的一天,，并描述如何通過自動化數(shù)據(jù)軟件工具克服這些挑戰(zhàn),。通過有限稀釋和識別單克隆孔進行細胞株鋪板三周后，data移動并用于以下步驟（圖3）：

在細胞株開發(fā)的整個過程中,，這些步驟都是重復的,，這些步驟包括將檢測數(shù)據(jù)與樣品孔連接，將來自多個分析儀的數(shù)據(jù)關聯(lián)起來,，使用數(shù)據(jù)來驅動數(shù)據(jù)采集,，并將所有數(shù)據(jù)提前以供追溯。此外,，儲存所有潛在細胞株的數(shù)據(jù)是必要的,，因為很多細胞株在后期會由于基因組不穩(wěn)定或其他不需要的屬性而退出，而且不可能知道最終會選擇哪些細胞株用于細胞株庫,。

快速瀏覽和數(shù)據(jù)可視化

為自動運行存儲和利用數(shù)據(jù)只是問題的一部分,。您還必須能夠在需要時輕松地訪問數(shù)據(jù)，DART數(shù)據(jù)庫可以通過多種方便的方式訪問,。為了以用戶友好的方式進行快速可視化,，DART數(shù)據(jù)瀏覽器（圖4A）可以在Chrome瀏覽器中突出顯示方法、耗材和孔層面的數(shù)據(jù),。不僅可以遠程查看這些數(shù)據(jù),，還可以在運行期間刷新這些數(shù)據(jù)以使用實時數(shù)據(jù)進行更新。為了以可用的形式導出數(shù)據(jù)，可以使用DART報告生成器在Excel中生成報告,，使用一個簡單的界面來選擇要包含在給定報告中的數(shù)據(jù),。所有這些都可以在不借助IT資源的情況下完成——這是一些大型數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)的常見需求。