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速度,！12分鐘Pooling 384個(gè)NGS文庫(kù)

貝克曼庫(kù)爾特生命科學(xué) 2020-09-15 | 閱讀：4180

Pooling是測(cè)序文庫(kù)上機(jī)前的臨門(mén)一腳,。經(jīng)過(guò)數(shù)小時(shí)乃至幾天的實(shí)驗(yàn)，初始樣品終于變成濃度,、片段大小都符合質(zhì)控指標(biāo)的library嗷嗷待測(cè),。Pooling實(shí)驗(yàn)通常由兩位操作者協(xié)作。根據(jù)表單信息將文庫(kù)歸一化到一定濃度,，再將想要合并測(cè)序的文庫(kù)混合,，耗時(shí)耗力。

事實(shí)上Pooling完全可以不需要密集的吸液移液操作,，不需要這么多時(shí)間和精力投入,，甚至就不需要移液器和吸頭。采用Echo聲波移液系統(tǒng),，12分鐘即可完成384個(gè)文庫(kù)pooling¹,，而手工完成歸一化和pooling需耗時(shí)長(zhǎng)達(dá)3小時(shí)。

Echo通過(guò)聚焦聲波能量轉(zhuǎn)移低至2.5nL的樣品,，不需要吸頭,，無(wú)物理接觸。每秒傳輸幾百個(gè)液滴實(shí)現(xiàn)nL到uL級(jí)的液體傳輸,。Echo可以微量化反應(yīng)體系到幾微升,，甚至數(shù)百納升，將樣品從微孔板任意孔快速轉(zhuǎn)移到目的板任意孔,。在基因組學(xué)及合成生物學(xué)中,，被應(yīng)用到微量化NGS建庫(kù)和快速pooling文庫(kù)、引物,、寡聚核苷酸探針當(dāng)中,。

Echo 一步法NGS文庫(kù)Pooling

Echo不與文庫(kù)樣本直接接觸，不需要費(fèi)時(shí)間加載或清洗吸頭,，可以在不到一秒的時(shí)間將微孔板上的NGS文庫(kù)轉(zhuǎn)移到目標(biāo)孔內(nèi),。

高濃度文庫(kù)不需額外稀釋。通過(guò)nL至uL級(jí)液滴轉(zhuǎn)移,，將濃度歸一化和pooling簡(jiǎn)化為一步進(jìn)行,。

數(shù)據(jù)管理和自動(dòng)化操作可以避免人工操作失誤，提高實(shí)驗(yàn)過(guò)程的可靠性,。

Echo可關(guān)聯(lián)輸入文件,，軟件自動(dòng)完成高通量pooling

左：將需要pooling的各文庫(kù)信息寫(xiě)入輸入文件，采用Echo一步法完成Pooling,。
右：比較384個(gè)文庫(kù)的200 nL/文庫(kù)等體積Echo混樣和等摩爾量Echo混樣,。
結(jié)果顯示經(jīng)Echo pooling后文庫(kù)獲得更加均一的測(cè)序量。

Echo 微量化NGS文庫(kù)定量質(zhì)控

Echo可完成384孔甚至1536孔每板的超高通量微量化文庫(kù)質(zhì)控定量,。聲波移液含DNA染料的緩沖溶液,、文庫(kù)到酶標(biāo)板中進(jìn)行熒光檢測(cè),。或是進(jìn)行文庫(kù)qPCR檢測(cè)體系構(gòu)建,，避免標(biāo)準(zhǔn)品梯度稀釋的累積誤差和氣溶膠污染,。文庫(kù)定量的微量化能夠減少試劑消耗，有效控制成本,。此外,，Echo支持在軟件中以表單的形式挑選某些文庫(kù)做qPCR。整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程數(shù)據(jù)可循,，避免手工操作的竄孔等錯(cuò)誤,。