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速度,！12分鐘Pooling 384個NGS文庫

貝克曼庫爾特生命科學(xué) 2020-09-15 | 閱讀：3958

Pooling是測序文庫上機前的臨門一腳。經(jīng)過數(shù)小時乃至幾天的實驗，初始樣品終于變成濃度、片段大小都符合質(zhì)控指標(biāo)的library嗷嗷待測。Pooling實驗通常由兩位操作者協(xié)作,。根據(jù)表單信息將文庫歸一化到一定濃度，再將想要合并測序的文庫混合,，耗時耗力,。

事實上Pooling完全可以不需要密集的吸液移液操作，不需要這么多時間和精力投入,，甚至就不需要移液器和吸頭,。采用Echo聲波移液系統(tǒng)，12分鐘即可完成384個文庫pooling¹,，而手工完成歸一化和pooling需耗時長達(dá)3小時,。

Echo通過聚焦聲波能量轉(zhuǎn)移低至2.5nL的樣品，不需要吸頭,，無物理接觸,。每秒傳輸幾百個液滴實現(xiàn)nL到uL級的液體傳輸,。Echo可以微量化反應(yīng)體系到幾微升，甚至數(shù)百納升,，將樣品從微孔板任意孔快速轉(zhuǎn)移到目的板任意孔,。在基因組學(xué)及合成生物學(xué)中，被應(yīng)用到微量化NGS建庫和快速pooling文庫,、引物,、寡聚核苷酸探針當(dāng)中。

Echo 一步法NGS文庫Pooling

Echo不與文庫樣本直接接觸,，不需要費時間加載或清洗吸頭,，可以在不到一秒的時間將微孔板上的NGS文庫轉(zhuǎn)移到目標(biāo)孔內(nèi)。

高濃度文庫不需額外稀釋,。通過nL至uL級液滴轉(zhuǎn)移,，將濃度歸一化和pooling簡化為一步進(jìn)行。

數(shù)據(jù)管理和自動化操作可以避免人工操作失誤,，提高實驗過程的可靠性,。

Echo可關(guān)聯(lián)輸入文件，軟件自動完成高通量pooling

左：將需要pooling的各文庫信息寫入輸入文件,，采用Echo一步法完成Pooling,。
右：比較384個文庫的200 nL/文庫等體積Echo混樣和等摩爾量Echo混樣。
結(jié)果顯示經(jīng)Echo pooling后文庫獲得更加均一的測序量,。

Echo 微量化NGS文庫定量質(zhì)控

Echo可完成384孔甚至1536孔每板的超高通量微量化文庫質(zhì)控定量,。聲波移液含DNA染料的緩沖溶液、文庫到酶標(biāo)板中進(jìn)行熒光檢測,?；蚴沁M(jìn)行文庫qPCR檢測體系構(gòu)建，避免標(biāo)準(zhǔn)品梯度稀釋的累積誤差和氣溶膠污染,。文庫定量的微量化能夠減少試劑消耗，有效控制成本,。此外,，Echo支持在軟件中以表單的形式挑選某些文庫做qPCR。整個實驗過程數(shù)據(jù)可循,，避免手工操作的竄孔等錯誤,。