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Biomek+Echo: 高通量,、低成本NGS建庫(kù)的秘訣

貝克曼庫(kù)爾特生命科學(xué) 2020-08-14 | 閱讀：1899

在過(guò)去十多年里,，隨著二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,，測(cè)序成本已經(jīng)下降了幾個(gè)數(shù)量級(jí),，但是二代測(cè)序樣品文庫(kù)制備成本仍然高昂,，過(guò)程依舊復(fù)雜,。微生物及病毒全基因組測(cè)序能幫助科學(xué)家們確認(rèn)基因組編輯正確性,，解析病原的變異及進(jìn)化，是高通量基因編輯和調(diào)查微生物組,、病毒學(xué)研究的常規(guī)工作,。液體處理專(zhuān)家貝克曼庫(kù)爾特創(chuàng)新推出Biomek i5+Echo 525超高通量自動(dòng)化整合系統(tǒng)，幫助您實(shí)現(xiàn)二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建中的高通量和低成本的需求,。

圖1. Biomek i5 +Echo 525整合系統(tǒng),。通過(guò)將Echo 525快速、精確的聲波移液技術(shù)與Biomek i系列工作站強(qiáng)大而靈活的功能相結(jié)合,，可以將文庫(kù)制備工作提高到超高通量,。

我們使用illumina Nextera XT DNA試劑盒，以3種不同的微生物樣品類(lèi)型（蠟狀芽孢桿菌,，大腸埃希氏菌,，紅球菌）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，測(cè)試了該微量化方法的有效性,。Biomek i5+Echo 525 整合系統(tǒng)的微量化文庫(kù)制備方案可將反應(yīng)體系縮小20倍,，降低每次反應(yīng)的試劑成本；可單次處理384個(gè)樣品,，提高樣品處理通量,。值得注意的是，根據(jù)Illumina的標(biāo)準(zhǔn)推薦實(shí)驗(yàn)流程,，手工操作8個(gè)樣品的時(shí)間約為3小時(shí),。利用Biomek i5 +Echo 525整合系統(tǒng)，完成384個(gè)樣品的文庫(kù)制備僅需4小時(shí),，該時(shí)間包括了試劑分裝和孵育,。試劑分裝利用選擇性吸頭移液功能，可處理靈活多變的樣品數(shù)量,。微量化文庫(kù)制備使更高的通量成為可能,，而無(wú)需大幅增加時(shí)間。

圖2. 微量化Illumina Nextera XT文庫(kù)制備的自動(dòng)化流程。灰色代表Biomek i5完成步驟,，藍(lán)色代表Echo 525完成步驟,，紅色代表手工干預(yù)步驟。Echo用于反應(yīng)體系構(gòu)建及Normalization/pooling,；Biomek配置384通道加樣器,，并具有選擇性吸頭移液功能，用于分裝Echo所需試劑并進(jìn)行產(chǎn)物純化,；可選配臺(tái)面整合的PCR儀,，用于PCR擴(kuò)增和孵育，減少人為干預(yù),。

圖3.向?qū)降能浖僮鹘缑妫ㄗ螅?，和臺(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能 (右)。如左圖所示,，在軟件操作界面上用戶(hù)可以選擇樣本數(shù)量,，是否使用臺(tái)面整合的PCR儀，以及運(yùn)行工作流程的哪個(gè)部分,。具備臺(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能（右圖）,，當(dāng)操作人員完成耗材擺放后，工作站可自動(dòng)判定耗材擺放是否正確,，對(duì)錯(cuò)誤擺放位置進(jìn)行提示,，確保程序運(yùn)行前臺(tái)面擺放正確。避免由于人為擺放耗材錯(cuò)誤,，導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑,、時(shí)間損失。

Better together—— Echo + Biomek自動(dòng)化NGS建庫(kù)方案：

文庫(kù)構(gòu)建體系縮小20倍相應(yīng)降低了試劑成本,，無(wú)需吸頭的納升級(jí)聲波介導(dǎo)移液節(jié)省了耗材成本,。